Eunomia は、テストとデモンストレーションを目的とした OMOP CDM の標準データセットです。
Eunomia を OMOP CDM へ適用する手順を記します。

前提条件

OMOP CDM v5.3 のテーブルが構築されていること。

参考：https://www.notion.so/OMOP-CDM-Observational-Medical-Outcomes-Partnership-Common-Data-Model-66057114c2d44cfbb2bb81a2364b5624

下記 URL の手順を参考に、テストデータ（Eunomia）を取得します。
Eunomia package - RDocumentation

R から以下のコマンドを実行します。

install.packages("Eunomia")

続いて、以下のコマンドを実行します。

library(DatabaseConnector)
library(Eunomia)

connectionDetails <- Eunomia::getEunomiaConnectionDetails()
connection <- connect(connectionDetails)

tables <- getTableNames(connection)
for (table in tables) {
    data <- DatabaseConnector::querySql(connection, paste("SELECT * FROM", table))
    write.csv(data, paste0(table, ".csv"), row.names = FALSE)
}
disconnect(connection)

作成された C:\Users\アカウント名\AppData\Local\Temp\RtmpKK7C0c フォルダを C:\tmp へコピーし、フォルダ名を eunomia へ変更します。（RtmpKK7C0c フォルダは、作業毎に違う名称になります）

インポートを始める前に、エクスポートしたデータの内容を一部修正します。

ファイルの修正が完了したら、Eunomia のデータをインポートします。
Git Bash から以下のコマンドを実行します。（ zzzz のパスワードは、PostgreSQL で設定したパスワードに置き換えてください）

# PostgreSQLの接続情報
export PGPASSWORD='zzzz'
PGHOST=localhost
PGUSER=ohdsi_app_user
PGDATABASE=OHDSI

# CSVファイルと対応するテーブル名のリスト
declare -A files_tables
files_tables=(
		["c:/tmp/eunomia/CARE_SITE.csv"]="eunomia.care_site"
		["c:/tmp/eunomia/CDM_SOURCE.csv"]="eunomia.cdm_source"
		["c:/tmp/eunomia/CONCEPT.csv"]="eunomia.concept"
		["c:/tmp/eunomia/CONCEPT_ANCESTOR.csv"]="eunomia.concept_ancestor"
		["c:/tmp/eunomia/CONCEPT_CLASS.csv"]="eunomia.concept_class"
		["c:/tmp/eunomia/CONCEPT_RELATIONSHIP.csv"]="eunomia.concept_relationship"
		["c:/tmp/eunomia/CONCEPT_SYNONYM.csv"]="eunomia.concept_synonym"
		["c:/tmp/eunomia/CONDITION_ERA.csv"]="eunomia.condition_era"
		["c:/tmp/eunomia/CONDITION_OCCURRENCE.csv"]="eunomia.condition_occurrence"
		["c:/tmp/eunomia/COST.csv"]="eunomia.cost"
		["c:/tmp/eunomia/DEATH.csv"]="eunomia.death"
		["c:/tmp/eunomia/DEVICE_EXPOSURE.csv"]="eunomia.device_exposure"
		["c:/tmp/eunomia/DOMAIN.csv"]="eunomia.domain"
		["c:/tmp/eunomia/DOSE_ERA.csv"]="eunomia.dose_era"
		["c:/tmp/eunomia/DRUG_ERA.csv"]="eunomia.drug_era"
		["c:/tmp/eunomia/DRUG_EXPOSURE.csv"]="eunomia.drug_exposure"
		["c:/tmp/eunomia/DRUG_STRENGTH.csv"]="eunomia.drug_strength"
		["c:/tmp/eunomia/FACT_RELATIONSHIP.csv"]="eunomia.fact_relationship"
		["c:/tmp/eunomia/LOCATION.csv"]="eunomia.location"
		["c:/tmp/eunomia/MEASUREMENT.csv"]="eunomia.measurement"
		["c:/tmp/eunomia/METADATA.csv"]="eunomia.metadata"
		["c:/tmp/eunomia/NOTE.csv"]="eunomia.note"
		["c:/tmp/eunomia/NOTE_NLP.csv"]="eunomia.note_nlp"
		["c:/tmp/eunomia/OBSERVATION.csv"]="eunomia.observation"
		["c:/tmp/eunomia/OBSERVATION_PERIOD.csv"]="eunomia.observation_period"
		["c:/tmp/eunomia/PAYER_PLAN_PERIOD.csv"]="eunomia.payer_plan_period"
		["c:/tmp/eunomia/PERSON.csv"]="eunomia.person"
		["c:/tmp/eunomia/PROCEDURE_OCCURRENCE.csv"]="eunomia.procedure_occurrence"
		["c:/tmp/eunomia/PROVIDER.csv"]="eunomia.provider"
		["c:/tmp/eunomia/RELATIONSHIP.csv"]="eunomia.relationship"
		["c:/tmp/eunomia/SOURCE_TO_CONCEPT_MAP.csv"]="eunomia.source_to_concept_map"
		["c:/tmp/eunomia/SPECIMEN.csv"]="eunomia.specimen"
		["c:/tmp/eunomia/VISIT_DETAIL.csv"]="eunomia.visit_detail"
		["c:/tmp/eunomia/VISIT_OCCURRENCE.csv"]="eunomia.visit_occurrence"
		["c:/tmp/eunomia/VOCABULARY.csv"]="eunomia.vocabulary"
)

for file in "${!files_tables[@]}"
do
    table=${files_tables[$file]}

 	# 外部キー制約を無効化
    psql -h $PGHOST -U $PGUSER -d $PGDATABASE -c "ALTER TABLE $table DISABLE TRIGGER ALL;"
        
    # 既存データの削除
    # psql -h $PGHOST -U $PGUSER -d $PGDATABASE -c "TRUNCATE TABLE $table CASCADE;"
		# echo "$table テーブルのデータを削除しました。"
		
    # CSVファイルのインポート
    psql -h $PGHOST -U $PGUSER -d $PGDATABASE -c "\COPY $table FROM '$file' CSV HEADER"
    echo "$file を $table にインポートしました。"
    
    # 外部キー制約を有効化
    psql -h $PGHOST -U $PGUSER -d $PGDATABASE -c "ALTER TABLE $table ENABLE TRIGGER ALL;"
    
done

echo "処理が完了しました。"

処理が完了し、テーブルにデータが反映されているか確認します。
csv のデータがインポートされていることが確認できれば、テストデータ（Eunomia）のインポートは完了です。