CommonDataModel 作成の準備

1. パッケージのインストール

   DDL コマンドを使用して、データベース内のオブジェクト（テーブル、インデックス、ビュー、スキーマなど）を作成、変更、削除します。
   DDL（Data Definition Language）は、データベースの構造を定義するための SQL のサブセットです。
   このモジュールでは、R パッケージを使用して CDM テーブルを作成します。
   
   

   DatabaseConnector および SqlRender がインストールされている必要があります。
   R から DDL、外部キー、主キー、インデックスを作成します。
   GitHub からパッケージをインストールします。
   
   

   R-Studio を起動し、以下のコマンドを実行します。

   install.packages("devtools")

   

   GitHub からパッケージをインストールします。

   devtools::install_github("OHDSI/CommonDataModel")

   

2. JDBC ドライバを準備する

   JDBC を使用することで、R 言語から直接データベースにアクセスし、SQL コマンドを実行してデータベースの管理や操作を行うことができます。

   
   

   以下の URL から JDBC ドライバをダウンロードします。
   https://jdbc.postgresql.org/

   

   

   ダウンロードしたファイル postgresql-42.7.3.jar を C:\Program Files\PostgreSQL へ保存します。

CommonDataModel の作成

1. スキーマを作成
   OHDSI データベースのスキーマを右クリック、作成 → スキーマ を選択します。
   

   

   名前と所有者を入力し、保存します。（この手順では、スキーマ名を eunomia とします）

   

   eunomia スキーマが作成されます。

   

2. テーブルを展開

   以下のコマンドを R から実行し、テーブルを構築します。（ データベース : OHDSI　スキーマ : eunomia ）
   ※ eunomia のテストデータは、CDM v5.3 に対応しています
   ※ zzzz は、ohdsi_app_user のパスワードに書き換えて実行してください

   devtools::install_github("OHDSI/DatabaseConnector")
   
   cd <- DatabaseConnector::createConnectionDetails(dbms = "postgresql",
                                                    server = "localhost/OHDSI",
                                                    user = "ohdsi_app_user",
                                                    password = "zzzz",
                                                    pathToDriver = "C:/Program Files/PostgreSQL"
                                                    )
   
   CommonDataModel::executeDdl(connectionDetails = cd,
                               cdmVersion = "5.3",
                               cdmDatabaseSchema = "eunomia"
                               )

   処理が完了すると、OMOP CDM のテーブルが作成されます。